Năm 1758, Carl Linnaeus đã mô tả con báo đốm trong tác phẩm Systema Naturae và đặt cho nó cái tên khoa học Felis onca.[14] Trong thế kỷ 19 và 20, một số mẫu vật báo đốm đã hình thành cơ sở cho các mô tả phân loài.[15] Năm 1939, Reginald Innes Pocock đã công nhận tám phân loài dựa trên nguồn gốc địa lý và hình thái hộp sọ của các mẫu vật này.[16][16] Pocock đã không có quyền truy cập vào các mẫu vật động vật học đủ để đánh giá phê bình tình trạng phân loài của chúng, nhưng bày tỏ nghi ngờ về tình trạng của một số loài. Sau này xem xét công việc của mình đề nghị chỉ có ba phân loài nên được công nhận. Mô tả của P. o. palustris dựa trên hộp sọ hóa thạch.[17] Tác giả của các loài động vật có vú trên thế giới liệt kê chín phân loài và cả P. o. palustris hoặc P. o. paraguensis riêng biệt.

Kết quả nghiên cứu hình thái và di truyền học cho thấy một biến thể phía nam clinal giữa các quần thể, nhưng không có bằng chứng cho sự khác biệt phân loài. Một nghiên cứu chi tiết hơn sau đó đã xác nhận cấu trúc số lượng dự đoán trong quần thể báo đốm ở Colombia.

Những người đánh giá Sách Đỏ IUCN cho các loài và thành viên của Nhóm Chuyên gia thú họ Mèo không công nhận bất kỳ phân loài báo đốm nào là hợp lệ. Bảng dưới đây dựa trên phân loại trước đây của các loài được cung cấp trong các loài động vật có vú trên thế giới.